Τη Διεύθυνση Αναπτυξιακού Προγραμματισμού Κυκλάδων απαρτίζουν τα εξής Τμήματα:
α. Τμήμα Σχεδιασμού Περιφερειακής Πολιτικής με έδρα την Ερμούπολη και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου.
β. Τμήμα Εφαρμογής Προγραμμάτων και Έργων με έδρα την Ερμούπολη και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου.
γ. Τμήμα Τεκμηρίωσης με έδρα την Ερμούπολη και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου.
δ. Τμήμα Κινήτρων Περιφερειακής Ανάπτυξης με έδρα την Ερμούπολη και τοπική αρμοδιότητα στις Περιφερειακές Ενότητες Κυκλάδων.
ε. Τμήμα Γραμματείας με έδρα την Ερμούπολη και τοπική αρμοδιότητα στην Περιφερειακή Ενότητα Σύρου.
στ. Αυτοτελές Γραφείο Εξυπηρέτησης Επενδυτών με έδρα την Ερμούπολη και τοπική αρμοδιότητα στις Περιφερειακές Ενότητες Κυκλάδων.